תשעה כללים, מתוך הדרך שבה שמרו תלמידי חכמים את רשימותיהם מאז ומעולם. הפנקס נפתח בהם; כאן הם באים יחד עם הדפים שבהם מקיימים אותם.
מאין בא כל כלל, ומקורו: המקורות. הדרך פתוחה לכל, לנהוג בה וללמד אותה, ודף ההדרכה מותר בהפצה: רשות השימוש.
להדפסה: דף הדרך ודף הסימנים, כמו שהם נדפסו בפנקס · הדרך בדף אחד, לשמור בתוך הפנקס (באנגלית).
מה שמחדשים ומה ששומעים נכתבים באותו ספר, עמוד אחר עמוד. כל רשימה נפתחת בשורה אחת: תאריך · מקום · מקור, והמקור הוא מדעתי, או שמעתי מ־ ושם האומר. לעולם לא לערב שמועה בחידוש עצמי.
לשוליים החיצוניים הרחבים שני תפקידים: המקום, כדי למצוא את הרשימה בדפדוף, וההגהות, מה שמוסיפים אחר כך, עם תאריך. בפנקסים של תלמידי חכמים נתמלאו השוליים במשך שנים; כאן יש לזה מקום מראש.
אין כאן צופן חדש: אלו ראשי התיבות שבספרים עצמם. רשימות קצרות; די בהערה אחת על דף. כל רשימה נחתמת ב״העולה״, המסקנא בשורה אחת.
| קשה / ק״ל | קושיא |
| וי״ל | תירוץ |
| נ״ל / ולכאורה | סברא דידי (ולכאורה: בדרך אפשר) |
| צ״ע | נשאר בצריך עיון: עובר לדף החזרה |
| וצ״ב | צריך ביאור |
| שמעתי מ־ / בשם | שמועה: לכתוב את שם האומר |
| עי׳ לעיל / לקמן | הפניה: ← עמ׳ או → עמ׳ |
| הגה״ה | הוספה שלאחר זמן: בשוליים, עם תאריך |
| העולה | המסקנא בשורה אחת: חותמת את הרשימה |
אמרו חז״ל: אין תורה נקנית אלא בסימנין (עירובין נד:).
מציינים את הגמרא או הראשון שהסברא נשענת עליו; ואם אין עדיין, כותבים צ״ע, והוא ממתין לחזרה. רשימה שיש לה המשך, או שהיא נוגעת לרשימה אחרת: כותבים ← עמ׳ ברשימה הישנה ו־→ עמ׳ בחדשה; בכל דף כתיבה יש מקום לשניהם.
בסוף הפנקס נותנים לכל מסכת, ספר או חלק שלומדים דף מפתח משלו, וכותבים בו את הדף, הפרק, הסימן או הפסוק, ואת העמוד. כל דף מפתח נחתם בשורת סיום. מפתח שני כבר מודפס, ובו כל הפרשיות והמועדים, ומפתח שלישי לענינים.
פעם בחודש חוזרים על הנכתב. כל צ״ע פתוח מעתיקים לדף החזרה עם מספר העמוד, ומסמנים: עודנו צ״ע, נתיישב, או הונח. וכשהכרך מתמלא, הדף האחרון מעביר את מה שעדיין פתוח לכרך הבא.
עבר ראש חודש בלי חזרה? חוזרים בראש החודש הבא. שום דבר אינו אובד; הקושיות הפתוחות ממתינות.
ביומן השיעורים רושמים שיעורים ששמעו ושאמרו, אם הוקלטו, ומה נעשה מן הרשימה: חבורה, שיעור, העתקה נקייה, או שהראו אותה לרבי או למורה.
שני עמודים זה מול זה: עיקר השאלה, מהלך הדברים עם מקורותיו, מראה מקומות לחלק, מה לקצר אם הזמן דוחק, והערות לאחר השיעור.
נכתב אחרי שבת או יום טוב: מה ששמעו (מפי מי והיכן), מה שאמרו, ודבר תורה לשולחן.
שאלות בבחינה, שאלות שנשאלים, שאלות מן השיעור: מה נשאל, מה השיבו, והדין ומקורו.
כל פנקס הוא כרך אחד. על השדרה ועל הכריכה כותבים נושא ומספר כרך, ובדף האחרון רשימת הכרכים, כך ששורת פנקסים על המדף נעשית סדרה ממוספרת, שאפשר לחפש בה לפי מקום.